該寺平面呈方形，占地約2500平方米。其主體建筑正門樓和禮拜大殿是元代重修的遺物。寺門朝南，門樓甬道由4道巨大的有雕刻圖案的尖拱門組成，門樓頂部是望月臺和祝圣亭。禮拜大殿呈長方形，四壁以花崗巖石砌成。其南墻亦是寺的圍墻，向外敞開8個(gè)長方形窗，西墻中部呈方形凹入，為“米哈拉布”，砌飾巨大的尖弓寶蓋狀凹壁，雕刻有“三一體”阿拉伯文《古蘭經(jīng)》節(jié)文，兩側(cè)墻壁布滿6個(gè)凹狀石刻，凹壁之間洞開4扇大窗。1607年泉州大地震，該寺的宣禮塔、祝圣亭和大殿圓頂塌毀。明代李光縉作的《重修清凈寺募緣疏》描述大殿建筑“疊疊重重，規(guī)制異人間之廟宇;昂昂噲噲，暈革仿天上之樓臺”。所描繪的即為阿拉伯式的圓頂建筑，還描繪寺塔如“一柱千云，并紫帽峰而作對，七級凌日，參開元塔為三”。指明該寺有塔1座，其高度堪稱泉州三大高層建筑之一(泉州開元寺雙塔高度分別為48.24米和44.06米)?！度莞尽酚涊d：“隆慶丁卯(1567)木塔壞。”故16世紀(jì)時(shí)塔為木制。爾后重修的塔為5層建筑，于康熙二十六年(1687)毀于颶風(fēng)。明萬歷年間曾在禮拜大殿北邊建筑明善堂，大殿圓頂塌毀后，該堂遂成為禮拜之所。寺內(nèi)現(xiàn)存有1507年的《重立清凈寺碑》、1609年的《重修清凈寺碑記》，以及明永樂五年(1407)的《敕諭》碑。泉州艾蘇哈卜寺是研究中外伊斯蘭建筑藝術(shù)交流史和泉州伊斯蘭教歷史的珍貴古跡。

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